第一,没有一个统一的完整的农业生态环境保护法律｡我国已初步形成了一个以《中华人民共和国环境保护法》为主体的环境保护法律法规体系,但此体系中没有综合性的农业环境资源保护法规或条例｡《环境保护法》对农业环境保护虽有涉及,但很简单,而且未能将农业环境和农业自然资源的保护统一起来;《农业法》仅对农业资源和农业环境保护作了原则性的规定;《农业技术推广法》中涉及到了农业环境保护技术的内容;《基本农田保护条例》中也有一些有关基本农田环境保护的规定｡这些环境法律法规都涉及了农业环境保护,对农村环保事业的发展起到了一定的推动作用,但是未有直接涉及农业生态环境保护的内容｡这就使得许多农业生态环境保护工作无法可依,不能开展｡
第二,诸多农业生态环境管理领域尚是法律真空｡虽然我国制定了很多生态环境保护法律,但是,在公众参与､行政指导､行政强制､有利于农业生态环境保护的经济政策等方面,还存在法律空白,还没有法律调整｡这样不利于调动一切可以调动的力量,共同参与农业生态环境保护,共同促进农业生态环境保护的发展｡
第三,保护农业生态环境缺少必要的强制手段和措施｡法律虽然不少,但有一个通病,那就是法律赋予生态环境保护执法部门的强制性手段和措施太少,和生态环境保护的要求还有很大距离,也不足以预防和制止生态环境污染和破坏事件的发生｡
第四,制度的配套性差,且有制度,无程序｡法律尽管设立了很多生态环境保护制度,但是,制度与制度间缺乏必要的协调,制度间配套性差｡同时,就单个制度来讲,缺少落实这个制度的必要的配套制度和措施,终致生态保护制度无法实施､无法完全落实,生态保护制度不能发挥其应有的作用｡而有制度却没有相应的程序,又使得制度很难得到全面贯彻执行｡例如限期治理这个制度,很多法律都做了规定,但是没有一部法律规定实施限期治理制度的程序｡这给执法人员执行这个制度带来了很大的困惑和不便｡又如生态恢复补偿制度,目前还不能正常发挥其作用,因为这个制度的设计还有一定缺陷,而且实施这个制度还没有完善相应的配套制度和措施｡
第五,现行法律有关破坏生态环境的法律责任的规定亟需加强｡许多法律有涉及生态环境保护的禁止性规定但无对应的法律责任规定,即使有规定对有关生态功能保护的违法行为处罚亦偏轻｡如对许多破坏生态环境造成严重后果的违法行为仅以罚款了之,且罚款数额偏低｡还有一些对社会危害性大的行为,破坏草原等生态环境的行为,仅追究行政责任,未设置相应的刑事责任条款因而不能追究其刑事责任｡这些缺陷使得现行环境保护法律法规既不足以震慑违法的当事人,也不能发挥以儆效尤的一般教育作用｡
第六,执法主体被人为割裂｡农业生态环境是一个十分宽泛的概念,涉及方方面面,涵盖了生态农业的发展､森林草原的养护､水资源的开发与保护､土地的利用与保护､环境污染与破坏的防治等领域,伸展到天上､地下的几乎所有空间｡无疑,这需要有一个权威部门实施统一监督管理｡然根据我国现有的法律法规,农业行政主管部门和环保部门都有相关职能,都是执法主体,而且地方的各个条例在相关执法主体的规定上亦不尽相同,使得农业生态环境保护陷入一个比较混乱的局面｡又以即将施行的《农村小康环保行动计划》为例,行动计划的推进机制是政府领导,环保牵头,各个部门共同推进,不同的部门都涉及到了农村环境保护工作的相关领域,如农业部实施的沼气工程计划､水利卫生部门的改水､改厕计划等,多个部门共同实施,但现实农业环境保护状况常常是多头管理,结果是管理失灵,这样就极大地损害了农业生态环境保护事业的健康发展｡
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