由于前期工程的设计和施工均由一家单位或者具有关联关系的单位实施，在缺乏有效监督和控制的情况下，设计单位通过提高项目建设标准、增加措施项目或者随意修改设计图纸数据等，以使施工单位获得了不当的超额利润，致使城市轨道交通项目蒙受了不必要的投资损失。
3.5 过程支付失控，结算存在问题
前期工程由于相对土建工程而言，其费用金额相比较小，从而其计量和支付过程的监督和审查相对较弱。此外，由于权属单位的默认或者支持，下设的施工单位往往在关键环节挟持建设单位，要求拨付多少款项之后方能继续施工，从而造成计量和支付过程失控。 前期工程的结算同样存在大量的问题，一是结算资料混乱，各项报告和证据之间缺少有效的支持关系；二是工程数量的计算数据胡乱编制，虚报水份巨大；三是设计变更没有依据，没有发包人或监理人的许可，设计图纸可以随意修改；四是现场洽商单杂乱无章，没有按照一定的顺序进行整理归档，普遍缺乏当事人的签字或者日期，或者事后补签；五是一些结算资料事后补充，与现场情况不符，经不起推敲；六是索赔理由无法成立，索赔程序和时效处理不符合同约定。
4 前期工程投资控制对策
4.1 打破行业垄断，加强市场竞争
前期工程应当参考房屋建筑工程、市政公用工程、公路工程的管理模式，打破行业垄断，消除进入壁垒，如此方可引入行业之外的强大施工队伍，促进行业技术水平和施工水平的提高，淘汰技术落后或者实施成本高的工艺工法，从而保证了行业的健康发展。
由于打破行业垄断，进入的施工单位数量大增，将会进一步地加强行业内的市场竞争，届时前期工程的投资控制将会变得合理可行
4.2 引入投标机制，价格合理可行
《工程建设项目招标范围和规模标准规定》（国家发展计划委员会令第3号）第七条规定达到下列标准之一的，必须进行招标：（一）施工单项合同估算价在200万元人民币以上的；（四）单项合同估算价低于第（一）、（二）、（三）项规定的标准，但项目总投资额在3000万元人民币以上的。
城市轨道交通项目的前期工程，每个专业动辄数百万元，即使不足200万元，但因满足第（四）项3000万元的要求，依然应当按照法律规定组织招标投标工作。通过引入投标机制，施工单位通过一定范围的竞争，报价将更具有合理性和可行性，在合同履行时将更具有生命力。
4.3 编制前期定额，统一费用标准
城市轨道交通项目的建设单位，为能统一各条线路的前期工作费用标准，促进同一时期的同类项目的价格基本相当，可以组织工程造价咨询公司、前期工程实施单位编制企业定额，纳入各类前期专业，分门别类地编制定额细目。
同理，建设单位可以根据工程经验和其他费用标准，组织人员测算各类前期专业的费用项目，如不同情况下的措施费用（夜间施工费用、二次搬运费用、设备进出场费用、成品保护费用等等），特殊的机械台班费用，材料消耗水平，以及各类专业的造价指标等，便于宏观控制前期工程的投资合理性。
4.4 规范设计施工，强调履约检查
国家住房和城乡建设部正在推行设计施工一体化，前期工程无疑具备良好的实施条件，应当紧跟时代步伐，研究相应的管理方案，从而从制度上规范设计和施工一体化的行为。
此外，城市轨道交通前期工程的各方参建单位均应加强履约检查，按照约定处理合同事宜。施工单位应当遵循合同约定，依据一定的程序提请设计变更、索赔、调整合同价格等，即要追逐企业利润，也应维护他人的合法权益。
4.5 加强结算审查，配合审计稽察
前期工程的施工单位应当做好日常资料的整理归档工作，避免事后补签，同时建立各项资料台账，保证结算资料的准确性和完整性。
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