至于其他的内参也是可以考虑用的,GAPDH(甘油醛-3-磷酸脱氢酶)是参与糖酵解的一种关键酶,而tubulin和actin类似,是细胞骨架的组成部分,但不是肌肉的主要成分,应该是一个代替品。
上述三种内参同时发生变化的情况很少,需要具体分析。一旦出现上述三种内参同时发生变化,如果是总蛋白可以用胞核的内参如PCNA,TATA-box binding protein(TBP)甚至线粒体的内参来代替,当然一般这种可能性出现的几率微乎其微。
不同异构体表达对蛋白的检测是有很大的影响,买抗体前要好好熟悉自己的目的蛋白,很多抗体杂不出条带其实未必是抗体质量的问题。很多公司的内参抗体是用抗原片段制备的,不同的公司选择的片段不一样。以最常用的beta-actin为例,有的公司选择N-端,有的选择C-端。选用N- 端Ac-Asp-Asp-Asp-Ile-Ala-Ala-Leu-Val-Ile-Asp-Asn-Gly-Ser-Gly-Lys 16aa作为抗原制备抗体(单抗和多抗)的占大多数,主要有Santa Cruz(Cat# sc-69879),sigma(Cat#A197等),ProSci(Cat# 3779),Cell Signaling(Cat#4967),Axxora PLATFORM(BET-A300)等,这类抗体均不能检测心肌和横纹肌中的actin条带。选用C-端16aa短肽作为抗原制备抗体的主要有 Axxora PLATFORM(PSC-3777),EPITOMICS(1784-1,1854-1等),这类抗体可以在肌肉细胞中检测到actin阳性信号。有时候在实验中检测内参时产生“组织特异性”,就是由于抗体选择不对造成的。
actin几种异构体存在组织分布特异性,不同型actin之间具有较高的序列相似性(>90%)。β-actin是分布于非肌细胞中的一种骨架蛋白,选择作β-actin内参时首先得保证是组织广泛表达的(尤其是做蛋白的组织表达谱时)。那么制备β-actin抗体的抗原应该是选用与actin其它异构体一致的氨基酸序列。公司制备抗体是选用β-actin的某一段小短肽作为免疫原,可能
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会因为选取的短肽在不同型actin之间保守与否,而导致所制备抗体具有一定的组织特异性.如选取的短肽仅在beta型存在,所得抗体就仅能检测非肌细胞中的actin,而选取的短肽在六型中均存在,则此抗体除非肌细胞外,还可以检测cardiac,skeletal,smooth muscle细胞的actin。
Western Blot实验中选择内参作为参照体系对于实验结果的分析具有很好的说明性。内参的选择往往使用一些常见的持家基因(管家基因),常用蛋白内参有GAPDH、beta-actin等。Western Blot实验中内参的选择及其使用方法都会直接影响对实验结果的分析。
【BCA法蛋白定量的原理】 Cu2+在碱性的条件下,可以被蛋白质还原成Cu+,Cu+和独特的BCA Solution A(含有BCA)相互作用产生敏感的颜色反应。从原来的苹果绿色螯合成紫蓝色的复合物。
在562nm处显示强烈的吸光性,且吸光度和蛋白浓度在广泛范围内有良好的线性关系,因此根据吸光值可以推算出蛋白浓度。
BCA法蛋白定量的工作范围 BCA法测定蛋白质浓度的范围是20μg/ml-200μg/ml
【碧云天BCA试剂盒特点简介】
碧云天BCA试剂盒官方说明 http://www.beyotime.com/bca.htm
BCA蛋白浓度测定试剂盒 (BCA Protein Assay Kit) 是根据目前世界上最常用的两种蛋白浓度检测方法之一BCA法研制而成,实现了蛋白浓度测定的简单、高稳定性、高灵敏度和高兼容性。
灵敏度高,检测浓度下限达到25μg/ml,最小检测蛋白量达到0.5μg,待测样品体积为1-20μl。
在50-2000μg/ml浓度范围内有较好的线性关系。
BCA法测定蛋白浓度不受绝大部分样品中的化学物质的影响,可以兼容样品中高达5%的SDS,5%的Triton X-100,5%的Tween 20、60、80。但本试剂盒受螯合剂和略高浓度的还原剂的影响:
需确保EDTA低于10mM,无EGTA,二硫苏糖醇(DTT)低于1mM,β-巯基乙醇BME (β-Mercaptoethanol)低于0.01%。
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不适用BCA法时建议试用碧云天生产的Bradford蛋白浓度测定试剂盒(P0006)。
【BCA法蛋白定量实验步骤】
以具体实验为例
01.检查制冰机里的冰是否足够;并打开37℃生化培养箱;
一般推荐每天上午裂解细胞,收取蛋白样品,下午立刻行BCA法进行蛋白定量实验,如此可以防止蛋白降解;如果裂解细胞第二天开始进行蛋白定量实验,则务必检查是否有足够的冰;
02.待检测的蛋白样品插置冰上且保存在4℃冰箱待用;
03.检查预先配制的蛋白标准品是否够用,如果不足,则重新配制;
蛋白标准品在BCA试剂盒(碧云天)内,由厂家提前配制好贮存溶液,用于标准曲线的测定;
具体步骤为:完全溶解蛋白标准品,取10μl稀释至100μl,使终浓度为0.5mg/ml。一般而言,蛋白样品在什么溶液中,标准品也宜用什么溶液稀释。但为了简便起见,也可以用0.9% NaCl溶液或PBS稀释标准品。稀释后的0.5mg/ml蛋白标准可以放置在-20℃长期保存。
04.根据实验方案,标记相应的EP管;
① 由于BCA法需制作标准曲线,故即便样本量不大,也需要较多的EP管;如样本量较大,以及需要双梯度稀释蛋白样本时,则需要大量的EP管,因此需提前标记好待用;
② 一般标准曲线8个;样本则需标记3套EP管, 20倍稀释(1μL样品),10倍稀释(2μL样品),最终的调平蛋白浓度(高浓度蛋白样品补齐之后);加上此前裂解细胞提取蛋白所需的EP管(通常是一天之内进行),因此需要4套EP管;
③ 为实验方便,用于配制梯度稀释的蛋白样品的EP管的标记,可以使用简写,但操作时需严格得从始至终一一对应;
05.估算拟加BCA工作液检测的孔数;标准曲线16孔,蛋白样品每
个样本2个副孔,共3个孔;考虑到BCA工作液的价格,一般预留10%配制;
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06.将上述实验方案简单绘制于检测使用的96孔板上,放在冰上孵育
待用;
蛋白极易降解,因此实验操作时,除需佩戴口罩外,全程皆应在冰上进行;有条件时,盛放蛋白样品的EP管,96孔板要进行提前预冷;
07.开始配制标准曲线(蛋白标准品线性稀释液)以及样品孔的“上样溶
液”;按照汇总配制的原则,标准曲线按2.5孔体积配制,样品孔按3.5孔体积配制;配好后,插冰待用;
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